آیتالله حاج سید جعفر سیّدان در اواخر سال 1313 شمسی در خانوادهای مذهبی و مؤمن در شهر مقدس مشهد دیده به جهان گشود. وی دوران کودکی را در دامن پرمهر مادری عفیفه و مؤمنه و در سایه پدری عطوف و مهربان گذراند و پس از فراگیری ادبیات فارسی و دروس مقدماتی در مکتبخانه، به خاطر عرق دینی والدین و علاقه شخصی وارد حوزه علمیه مشهد شد.
ایشان در دروس سطح حوزه از محضر اساتید مبرّز و برجسته آن روزگار از قبیل مرحوم ادیب نیشابوری، آیتالله حاج میرزا احمد مدرّس یزدی (در معالم، قوانین و شرح لمعه) و آیتالله حاج شیخ هاشم قزوینی (در رسائل، مکاسب و کفایه) کسب فیض نمود.
وی پس از گذراندن دوره سطح به مدت هشت سال در درس خارج فقه و اصول آیتاللهالعظمی حاج سید محمدهادی میلانی شرکت کرد و دروس فلسفه و کلام، شرح منظومه، شرح اشارات، اسفار و معارف و اخلاق را از محضر آیتالله حاج شیخ مجتبی قزوینی فراگرفت و در زمره شاگردان برجسته آن بزرگوار قرار گرفت.
آیتالله سیدان در اول فروردین سال 1341 شمسی مطابق با 14 شوال 1381 قمری با یکی از صبیههای خانواده اصیل و محترمِ حاجآقا سید محمدباقر سیستانی والد مکرّم حضرت آیتاللهالعظمی حاج سید علی سیستانی وصلت نمود.
ایشان سالیان متمادی است که به ترویج و تبلیغ معارف اسلامی، تدریس در مجامع علمی اعم از حوزوی و دانشگاهی در زمینه های تفسیر، کلام و معارف و همچنین حضور در مناظرات علمی اشتغال دارد و راهنمائی طلاب و دانشجویان را در برخی رساله ها و پایان نامه ها بر عهده داشته است.