در سال‌های ابتدایی دهه شصت، در ادامه مسیر توسعه‌ای خدمات صندوق، با توجه به نیاز آن روزهای حوزه علمیه مشهد، امناء صندوق تصمیم به ایجاد یک کتابخانه حوزوی گرفتند.
هستۀ اولیۀ کتب کتابخانه بعد از فوت آیت‌الله میلانی از کتابخانۀ مدرسۀ عالی حسینی تأمین شد، پس‌ازآن کتاب‌های اهدایی حجت‌الاسلام‌والمسلمین الهی خراسانی و کتاب‌های اهدایی آیت‌الله شانه‌چی و نیز کمک‌های مالی خیر محترم حاج‌آقای حاج‌ترخانی برای خرید قفسه، میز، صندلی و تجهیزات کتابخانه به‌تدریج کتابخانه را کامل کرد. به‌تدریج کتاب‌ها به‌صورت رده‌بندی‌شده با برگههای فیش دان، برگۀ مادر، مؤلف، سرشناسه ثبت شد تا این کتابخانه به‌عنوان یک کتابخانه فعال و مجهز در خدمت طلاب، اساتید و پژوهش‌گران حوزه مشهد قرار گیرد.
این کتابخانه جزو اولین کتابخانه‌های قفسه باز مشهد بود و همراه با خدمات باکیفیت کتابخانه‌ای، از مطالعه کنندگان با چای پذیرایی می‌شد و ازاین‌جهت هم کتابخانه‌ای پیشرو بود.
در سال‌های بعد چند قفسه کتاب‌های درسی و کنکوری هم خریداری شد تا کتابخانه، پاتوقی برای حضور جوانان کنکوری در کنار طلاب باشد.
این کتابخانه هم‌اکنون با دارا منابع غنی از کتب علوم و معارف اسلامی به‌ویژه در زمینه تفسیر و علوم قرآنی، تراجم و فهارس، ادبیات عربی و … مشتمل بر 20000 جلد کتاب است و توسط اساتید و طلاب مرکز تخصصی طوبی دفتر تبلیغات اسلامی بهره برداری می‌شود.
